Q. 差し戻しされた申請書を再申請する場合、初回申請時のフォームと経路が適用されますか？

A. 適用されます。

差し戻しされた申請書の再申請では、初回申請時のフォームと経路が適用されます。
最新のフォームと経路で申請はできません。